Im Alter von neun Jahren erhielt Marten Bötjer seinen ersten Posaunenunterricht. Mit 16 trat er sowohl in das Bremer als auch das Niedersächsische Landesjugendorchester ein. Im Bundeswettbewerb „Jugend musiziert“ erzielte er die höchste Punktzahl und anschließend ein Stipendium der Stiftung „Jugend musiziert“ Niedersachsen, die ihm unter anderem einen Studienaufenthalt an der Royal Academy of Music in London ermöglichte.
Im Oktober 2012 begann er sein Bachelorstudium in Düsseldorf bei Prof. Eckhardt Treichel. Zwei Jahre später wechselte er an die Hochschule für Musik Hanns Eisler Berlin und erhielt Unterricht bei Olaf Ott, Soloposaunist der Berliner Philharmoniker. Gegen Ende seines Bachelorstudiums war er Mitglied der Karajan-Akademie der Berliner Philharmoniker.
Seit 2018 ist Marten Bötjer Solo-Posaunist im Philharmonischen Orchester des Staatstheater Cottbus.
Stand: Juni 2023